ในญี่ปุ่นยุคปัจจุบัน หลังจากการพยายามฆ่าเขา อิตโตกิ ซากุราบะได้รู้ว่าเขาเป็นทายาทสายตรงและเป็นทายาทโดยชอบธรรมของตระกูลนินจาอิงะ แม่ของเขาส่งเขาไปที่ Ninjutsu Gakuen ซึ่งเป็นโรงเรียนสอนวิชานินจาแห่งชาติเพียงแห่งเดียวในญี่ปุ่น เพื่อศึกษาและฝึกฝนการเป็นนินจา ในขณะที่การสืบสวนกำลังดำเนินการเพื่อค้นหาว่าใครพยายามฆ่าเขาและทำไม ที่โรงเรียน อิตโตกิต้องพัวพันกับเพื่อนร่วมชั้นใหม่ ซึ่งรวมถึงนินจาสาวสวยที่อันตรายถึงชีวิต แต่อันตรายมักปรากฏอยู่เสมอ…โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อมีผู้ต้องสงสัยว่าเป็นคนทรยศในโรงเรียน

In modern-day Japan, after an attempt is made to kill him, Ittoki Sakuraba learns that he is a direct descendant of and rightful heir to the Iga Ninja clan. His mother sends him to Ninjutsu Gakuen, the only national ninja school in Japan, to study and train as a ninja while investigations are being made to discover who is trying to kill him and why. At the school, Ittoki becomes involved with his new classmates, which include some beautiful yet deadly young ninja girls, but danger is always present…especially when there is a suspected traitor inside the school.